Представления о молекулярно-генетических механизмах, лежащих в основе возникновения ПКР, существенно расширились. Известно, что у 2 % больных рак почки является одним из проявлений наследственного синдрома von Hippel-Lаndau (VHL) — аутосомно-доминантного заболевания, обусловленного инактивацией одноименного супрессорного гена (3р25) вследствие его эмбриональной мутации. При ПКР также наблюдается инактивация VHL-гена, но уже вследствие соматических мутаций или метилирования гена. Белковый продукт VHL-гена в нормальных условиях регулирует уровень HIF (hypoxia inducible factor — фактор, индуцируемый гипоксией), связываясь с последним и инактивируя его. В случае потери функциональной активности VHL-гена уровень HIF повышается, что приводит к активации ряда генов, экспрессия которых служит ценным прогностическим фактором при ПКР.